Podstawę prawną ludobójczych deportacji niemieckich Romów do KL Auschwitz stanowił wydany przez Heinricha Himmlera 16 grudnia 1942 r. tzw. „Rozkaz Oświęcimski” (Auschwitz-Erlass). Niedługo później podobne rozporządzenia wydano odnośnie Romów pochodzących z Protektoratu Czech i Moraw,  niektórych rejonów Polski i z okupowanych krajów Europy Zachodniej. Z deportacji mieli być wyłączeni „rasowo czyści” Romowie (choć tylko po to, aby odseparować ich od reszty społeczeństwa w czymś na kształt rezerwatu, który miał być zlokalizowany na pograniczu Austrii i Węgier, gdzie mieli oni być poddani obserwacji i badaniom), a także Romowie pozostający w związku małżeńskim z osobami „niemieckiej krwi” i „społecznie przystosowani”. Ci ostatni mieli przy tym zostać wysterylizowani.

W praktyce jednak wyłączenia z deportacji zostały ograniczone bardziej szczegółowymi przepisami a sama realizacja rozkazu w dużej mierze zależała od lokalnych wykonawców, którzy często stosowali właściwe sobie kryteria. Tak więc wyłączeniu z deportacji nie mogli podlegać Romowie z kryminalną przeszłością a także ci, którzy prowadzili wędrowny tryb życia, a to w istotny sposób ograniczało liczbę nie podlegających deportacji „czystych rasowo” Romów. Z kolei lokalne jednostki policji traktowały przygotowania do deportacji jako sposobność do całkowitego pozbycia się Romów ze swojego terenu, co prowadziło do wpisywania na listy deportowanych również osób „społecznie przystosowanych”.  W ten sposób w Auschwitz znalazła się między innymi pewna ilość żołnierzy Wehrmachtu (uprzednio zwolnionych ze służby) pochodzących z całkowicie zasymilowanych lub mieszanych rodzin, pewien długoletni członek NSDAP, a także np. przewodnicząca hitlerowskiego Związku Dziewcząt Niemieckich z Berlina.

Ze względu na kryteria określania, kto jest Romem, niektóre z tych osób dopiero w momencie aresztowania dowiedziały się, że w myśl nazistowskich regulacji prawnych są „cygańskimi mieszańcami” gdyż mieli pradziadka Roma.

Organizacyjne zagadnienia deportacji do Auschwitz ustalone zostały podczas konferencji, która odbyła się 15 stycznia 1943 r. w Urzędzie Policji Kryminalnej Rzeszy. Podczas niej opracowano plan deportacji, który dwa tygodnie później przekazany został jednostkom policyjnym na terenie Rzeszy. Przez niektórych badaczy i działaczy romskich konferencja ta jest traktowana jako odpowiednik konferencji w Wannsee, która dokładnie rok wcześniej przypieczętowała zagładę europejskich Żydów. Pierwszy transport skierowany do KL Auschwitz w wyniku tej konferencji, przybył na miejsce przeznaczenia 26 lutego. Tylko dwa miesiące upłynęły zatem od wydania przez Himmlera „rozkazu oświęcimskiego” do jego praktycznego wcielenia w życie, co wymagało skomplikowanej operacji biurokratyczno-policyjno-logistycznej. 

Na przyjęcie deportowanych w wyniku rozporządzenia Himmlera utworzono w KL Auschwitz tzw. „rodzinny obóz cygański” (Zigeunerfamilienlager), zajmujący odcinek BIIe terenu Birkenau. Romowie znajdowali się jednak w Auschwitz już wcześniej – byli to ludzie przewiezieni tam z obozów koncentracyjnych w Niemczech, gdzie znaleźli się jako „jednostki aspołeczne”, a także Romowie z Protektoratu Czech i Moraw. Według list przybywających do Auschwitz więźniów można powiedzieć, że Romów zaczęto deportować od lipca 1941 r. Prawdopodobnie pierwszymi Romami z terenów Polski przewiezionymi do Auschwitz byli trzej mężczyźni, którzy znaleźli się w niewielkim transporcie skierowanym do obozu 9 lipca 1941 r. z jednostki policji kryminalnej w Katowicach. 

Pierwszy transport będący konsekwencją rozkazu Himmlera z 16 grudnia 1942 przybył do Auschwitz 26 lutego 1943 r., gdy przeznaczona dla deportowanych Romów część Birkenau była jeszcze w budowie.

Warunki życia pierwszych deportowanych były więc szczególnie ciężkie, choć trzeba też powiedzieć, że nie uległy one znaczącej poprawie po rozbudowie podobozu. Potwierdza to bardzo wysoka śmiertelność więźniów Zigeunerlager. W ciągu 1943 roku na skutek nieludzkich warunków zmarło w „obozie cygańskim” 7359 osób, a w 1944 roku – 3155. Chodzi tutaj o przypadki śmierci udokumentowane wpisami w księgach ewidencyjnych, przy czym należy doliczyć jeszcze 1329 zgonów bez możliwości stwierdzenia daty śmierci. Prawie połowa romskich więźniów „obozu cygańskiego” zmarła wskutek celowo stworzonych, nieludzkich warunków, które uniemożliwiły im przeżycie. 

Transporty będące następstwem rozkazu Himmlera z 16 grudnia 1942 kierowano do KL Auschwitz nie tylko z terytorium Niemiec, ale również Austrii i tzw. Protektoratu Czech i Moraw. W ten właśnie sposób w kwietniu 1943 r. wysłani zostali do Auschwitz Romowie więzieni w Maxglan, co zakończyło istnienie tego obozu. Z terenu Austrii deportowano wówczas 2760 Romów.  Przypuszcza się, że nazistowskich prześladowań nie przeżyło ok. 8 000 austriackich Romów, czyli ponad dwie trzecie całej populacji. 

W rezultacie Traktatu Monachijskiego przygraniczne regiony Czechosłowacji stały się częścią Rzeszy wraz z żyjącą tam częścią społeczności romskiej. W marcu 1939 r. dokonany został podział Czechosłowacji. Czechy i Morawy zostały włączone do Niemiec jako Protektorat Czech i Moraw. W szybkim tempie przygotowane zostały rozporządzenia prawne dotyczące Romów, wzorowane na istniejących już w Niemczech. Rozporządzenia te obejmowały regulacje dotyczące „osób uchylających się od pracy” i prowadzących wędrowny tryb życia, które w ich wyniku mogły zostać przymusowo osiedlone albo też prewencyjnie zatrzymane w więzieniach lub obozach pracy. Z reguły jednak nie miały one wyboru: administracja Protektoratu, nie mogąc lub nie chcąc się zajmować przymusowym osiedlaniem Romów, kierowały ich od razu do obozów pracy.

Osoby takie były kierowane przede wszystkim do dwóch „poprawczych obozów pracy”, założonych w sierpniu 1940 r. w Letach, niedaleko miejscowości Písek w Czechach, i w Hodonínie koło Kunštátu na Morawach.

Obozy te były zarządzane przez Czechów. Z dniem 1 sierpnia 1942 r. obozy te zostały przekształcone w obozy internowania, których celem było odizolowanie Romów od społeczeństwa. Następnie zaś stały się one obozami koncentracyjnymi dla Romów transportowanych na śmierć w KL Auschwitz. Z ogólnej liczby 1 256 zarejestrowanych w Letach więźniów 30% zostało zwolnionych lub uciekło, 26% zmarło w obozie, a 43% zostało wysłanych do Auschwitz. W Hodoninie zarejestrowano 1 396 więźniów (włącznie z urodzonymi tam dziećmi). Z tej liczby 19% zostało zwolnionych, 3% uciekło, 15% zmarło w obozie, a 62% wysłano na śmierć do Auschwitz.

Z terenu Protektoratu wysyłano zresztą Romów do KL Auschwitz od samego początku jego istnienia. Auschwitz I (czyli tak zwany „obóz macierzysty” – Stammlager) służył bowiem również jako obóz internowania dla osób z różnych powodów aresztowanych w Protektoracie. Drugą kategorią, która znalazła  się w Auschwitz-Birkenau, byli wędrowni Romowie, uprzednio więzieni głownie w Letach i Hodoninie. Trzecią wreszcie byli osiadli Romowie, głównie z terenu południowych Moraw, których wysłano do „obozu cygańskiego” w KL Auschwitz w 1943 r. w wyniku „rozkazu oświęcimskiego” Himmlera, łącząc ich czasami w transportach z więźniami Let i Hodonina. Już po likwidacji „obozu cygańskiego” wysyłano jeszcze do KL Auschwitz małe grupy Romów z Czech i Moraw. Archiwa Państwowego Muzeum Auschwitz-Birkenau odnotowały 4 493 Cyganów przewiezionych z Protektoratu do podobozu cygańskiego w Birkenau. Liczba ta nie uwzględnia tych, którzy byli we wcześniejszych transportach do Auschwitz I oraz w tych, które nadeszły do Auschwitz-Birkenau już po zlikwidowaniu „obozu cygańskiego”. Przypuszcza się, że spośród Romów zamieszkujących Czechy i Morawy mogło ocaleć jedynie kilkaset osób. 

Zigeunerfamilienlager był miejscem specyficznym. Nie rozdzielano w nim rodzin, więźniowie mogli zachować swoje ubrania, pieniądze i bagaż. Ci, których było na to stać, mogli kupować żywność. Więźniowie nie mieli też stałego zatrudnienia w obozowych komandach roboczych, aczkolwiek bywali co jakiś czas kierowani do rozmaitych prac porządkowych czy budowlanych. Niektórzy interpretują taki stan rzeczy jako świadome tworzenie pozorów w celu odwrócenia uwagi od rzeczywistej funkcji obozu – jego roli w zagładzie Romów. Potwierdzają to wspomnienia komendanta obozu KL Auschwitz, Rudolfa Hößa, spisane po jego aresztowaniu, w których pisał on, że warunki w Birkenau absolutnie uniemożliwiały stworzenie tam obozu rodzinnego z prawdziwego zdarzenia, a istnienia takiego obozu nie uwzględniały instytucje zaopatrujące Auschwitz – np. w przydziały żywnościowe. Główny Urząd Policji Kryminalnej Rzeszy już 15 maja 1943 r. wydał rozporządzenie, aby nie kierować Romów do KL Auschwitz z powodu przepełnienia „obozu cygańskiego”.

Inni z kolei utrzymują, że intencją takiego traktowania więźniów Zigeunerfamilienlager było zapobieżenie niepokojom i łatwiejsze administrowanie codziennym życiem obozu. Uwięzieni w nim Romowie byli w ten sposób przekonywani, że nie są przeznaczeni na śmierć, co pozwalało zachować względną dyscyplinę. 

Więźniowie Zigeunerfamilienlager mieli rzeczywiście formalny status internowanych, co mogło być związane z niespójnością akcji deportacyjnej i próbą zabezpieczenia się jej realizatorów na wypadek protestów ze strony członków rodzin osób uwięzionych, lub na wypadek zmiany kursu politycznego wobec Romów na szczytach nazistowskiej hierarchii (czyli na przykład złagodzenia polityki wobec „mieszańców cygańskich”, a zaostrzenia wobec Romów „czystych rasowo”).

Z punktu widzenia przynajmniej niektórych romskich więźniów, rodzinny charakter obozu bynajmniej nie musiał stanowić przejawu lepszego traktowania Cyganów. Wręcz przeciwnie: mógł on być traktowany jako czynnik powodujący upodlenie – prowadził bowiem do pogwałcenia wszystkich zasad kulturowych regulujących stosunki między Romami różnej płci, w różnym wieku i pochodzących z różnych grup. 

Do traumatycznych wspomnień związanych z niemożnością przestrzegania tabu kulturowych dodać należy traumę osób poddanych sterylizacji, a także dramat kobiet wykorzystywanych seksualnie w obozach, co było dość częstą praktyką w „obozie cygańskim”. Zważywszy na surowe normy dotyczące seksualności w tradycyjnych kulturach romskich, doświadczenie takie pozostawiało trudny do zniesienia osad w psychice i wspomnieniach ofiar i ich najbliższych.

Ogółem do Zigeunerlager deportowano w ciągu 17 miesięcy jego istnienia prawie 23 tysiące osób (20 943 zarejestrowanych w Księdze Głównej Obozu Cygańskiego). Najwięcej spośród nich pochodziło z Niemiec i Austrii – 13108. Romowie deportowani z Protektoratu Czech i Moraw, wcześniej więzieni między innymi w obozach koncentracyjnych w Letach i Hodoninie, stanowili drugą pod względem liczebności grupę – 4380. 1273 Romów uwięzionych w obozie pochodziło z terenu Polski. 1014 osób było tzw. „bezpaństwowcami”, deportowanymi z III Rzeszy, a więc głównie byli to Romowie niemieccy mający problemy z dokumentami potwierdzającymi obywatelstwo. Reszta to Romowie pochodzący z rozmaitych krajów europejskich. Podana statystyka nie uwzględnia pochodzących głównie z Polski Romów, którzy nie byli rejestrowani i zostali zabici w komorach gazowych wkrótce po przybyciu do obozu.  

W Birkenau miały miejsce trzy wielkie egzekucje Romów w komorach gazowych. 23 marca 1943 zamordowano ok. 1700 polskich Romów, którzy nie zostali zarejestrowani jako więźniowie obozu. Ponieważ stwierdzono wśród nich przypadki tyfusu plamistego, zostali umieszczeni w barakach 20 i 22 na terenie Zigeunerfamilienlager i odizolowani od reszty obozu. Po kilku dniach zostali zabrani do komór gazowych. Druga wielka egzekucja miała miejsce 25 maja 1943 r. Zginęło wówczas 1035 osób (507 mężczyzn i 528 kobiet): polskich Romów z rejonu Białegostoku i austriackich Sinti, przywiezionych do „obozu cygańskiego” 12 maja. Również wśród nich wykryto przypadki tyfusu plamistego. 

Trzecia egzekucja była zarazem końcem „obozu cygańskiego.” Próbowano jej dokonać wiosną 1944, jednakże ostrzeżeni więźniowie byli gotowi stawić opór, co skłoniło esesmanów do zmiany planów. Historię tego wydarzenia znamy głównie z relacji polskiego więźnia politycznego i członka obozowego ruchu oporu, który pełnił funkcję pisarza w podobozie cygańskim. Według jego świadectwa, 15 maja 1944 r. otrzymał on informację od dowódcy „obozu cygańskiego”, Georga Boniguta, że podjęto decyzję o likwidacji więźniów. Bonigut polecił zawiadomić o tym Romów, by „nie dali się zarżnąć jak barany”. 16 maja obóz cygański został zamknięty a grupa ok. 50-60 esesmanów otoczyła baraki, nakazując więźniom ich opuszczenie. Romowie nie posłuchali wezwania. Uzbrojeni w noże, łopaty, żelazo, łomy i kamienie oczekiwali na dalszy bieg wydarzeń. Widząc determinację Romów esesmani nie zdecydowali się na szturm baraków. Po naradzie z komendantem akcji wsiedli do samochodów i odjechali. 

Wydarzenie to jest obecnie intensywnie upamiętniane przez romskich działaczy jako Dzień Romskiego Oporu (16 maja) i wchodzi w skład wytwarzanych przez romski ruch polityczny ram pamięci o zagładzie Romów, które podkreślają aktywny opór i walkę Romów przeciwko ludobójczej polityce nazistów i ich sojuszników.

W następnych dniach sporządzony został spis Romów, którzy służyli w wojsku niemieckim, a także członków ich rodzin, którzy mieli zostać przeniesieni do obozów pracy w Niemczech. Spis przygotowany został przez pisarzy „obozu cygańskiego” i liczył 3200 osób. Osoby zatwierdzone przez komisję esesmanów z oddziału politycznego (w skład której wchodził również dr Mengele), która starała się odrzucić jak najwięcej nazwisk, zostały zabrane do obozu macierzystego (Auschwitz I) i umieszczone w blokach 9 i 10. Grupa ta liczyła ostatecznie ponad 1500 osób. Nieco ponad 200 osób z tej grupy zostało następnie wysłanych do obozów koncentracyjnych we Flossenbürgu i Ravensbrück. 2 sierpnia 1944 r. 1408 Romów z Auschwitz I przyprowadzono z powrotem do Birkenau i ustawiono przy pociągu towarowym, podstawionym na rampę graniczącą od południa z „obozem cygańskim”. Następnie zezwolono więźniom obozu na pożegnanie się z odjeżdżającymi. Sytuacja ta została celowo zaaranżowana po to, aby uspokoić pozostałych i przekonać ich, że oni również wyjadą do obozów pracy. 

Tego samego dnia wieczorem, po odjeździe pociągu, pozostałych więźniów, według najnowszych ustaleń historyków z Muzeum Auschwitz-Birkenau ok. 4200 mężczyzn, kobiet i dzieci, zapędzono lub przewieziono ciężarówkami do komór gazowych. Relacje świadków na temat ich ostatnich chwil są rozbieżne. Niektórzy byli więźniowie wspominają, że Romowie, wśród których większość stanowili starcy, kobiety i dzieci, nie mogli stawić oporu i szli na śmierć płacząc i lamentując. Inni twierdzą jednak, że prowadzeni na śmierć Romowie stawili opór: niektórzy rzucili się na esesmanów, którzy musieli użyć broni.

Koniec „obozu cygańskiego” nie był jednak końcem mordowania Romów w KL Auschwitz. Jeszcze w październiku 1944 zamordowano w komorach gazowych prawie 2000 osób przywiezionych z innych obozów (Buchenwald, Ravensbrück), w tym wielu Romów, którzy już wcześniej byli w KL Auschwitz i na pewien czas uniknęli śmierci wskutek wspomnianego tu niepowodzenia pierwszej próby likwidacji „obozu cygańskiego”.  Ogółem w komorach gazowych, a także wskutek głodu, chorób i prowadzonych przez dr. Mengele eksperymentów, zginęło w Auschwitz-Birkenau ok. 21 000 Romów.

Obóz KL Auschwitz był głównym miejscem zagłady Romów na terenie okupowanej Polski, jednakże Romowie byli mordowani również w innych obozach zagłądy: w Chełmnie nad Nerem (Kulmhof), gdzie w styczniu 1942 r. zagazowano tych spośród ok. 5 000 Romów z Austriackiego Burgenlandu, którzy przeżyli głód i epidemię tyfusu w łódzkim getcie, w którym przebywali od listopada 1941 r.; w Treblince, gdzie od sierpnia 1942 mordowano Romów z Warszawy i okolic, osadzonych uprzednio w warszawskim getcie i gdzie zagazowano ok. 1000 Romów z Besarabii; a także w Bełżcu i Sobiborze, gdzie zginęła trudna do ustalenia ilość Romów.

Sporadycznych egzekucji Romów dokonywano również w obozach koncentracyjnych, np. w Buchenwaldzie i Ravensbrück.

Prawdopodobnie największym obok KL Auschwitz centrum zagłady Romów w Europie był zorganizowany przez chorwacki rząd Ante Pavelicia obóz w Jasenovacu. Sprzymierzone z hitlerowskimi Niemcami, rządzone  przez lokalną odmianę faszystów tzw. „Niezależne Państwo Chorwackie” powstało w rezultacie inwazji Niemiec na Jugosławię w 1941 r. i obejmowało oprócz terytoriów chorwackich również Bośnię i część Serbii. W polityce państwa chorwackiego dużą rolę odgrywał kościół katolicki, a ideologia jego dominującej siły politycznej – Ustaszy – była mieszanką rasizmu i koncepcji „świętej wojny” z mniejszościami wyznającymi inne religie: Żydami, Serbami, a także w większości prawosławnymi Romami.

Obóz w Jasenovacu miał swą własną „sekcję cygańską” – tzw. Obóz IIIC. Romowie kierowani do niego byli przeznaczeni do pracy w miejscowej cegielni i przy kopaniu rowów melioracyjnych. Inni Romowie byli mordowani wkrótce po przybyciu do obozu, zarówno w samym Jasenovacu, jak i w innych miejscach straceń położonych w pobliżu. Zagłada Romów w Jasenovacu i innych obozach na terenie Chorwacji i Bośni nie odbywała się z pomocą technologii, jak w niemieckich obozach śmierci na terenie okupowanej Polski. Była za to niezwykle okrutna, rozstrzeliwania były poprzedzane torturami i gwałtami a ofiary były mordowane za pomocą noży i kijów. 

Okrucieństwa popełniane w Jasenovacu przez chorwackich Ustaszy wywoływały krytyczne komentarze nawet ze strony Niemców, choć bynajmniej nie z powodów humanitarnych. Według raportów agentów Gestapo okrucieństwo Ustaszy osłabiało efektywność zagłady i przeszkadzało w osiągnięciu zamierzonych skutków. Nie można precyzyjnie określić liczby romskich ofiar Jasenovaca. Na ogół przyjmuje się, ze było ich ok. 25 tysięcy, choć według najnowszych badań chorwackich historyków – nieco mniej.

W obozach zagłady mordowani byli w głównej mierze Sinti i Romowie niemieccy i austriaccy, a także czescy, chorwaccy (w Jasenovacu) i pewna cześć Romów żyjących na terytorium Polski. W przypadku Niemiec i terenów wcielonych do Rzeszy zagłada Romów z większymi lub mniejszymi odchyleniami przebiegała z reguły mniej więcej według wzoru, który historyk Raul Hilberg dostrzegł w Zagładzie Żydów: definicja i rejestracja – odizolowanie od społeczeństwa poprzez regulacje prawne a następnie osadzenie w specjalnych obozach cygańskich lub koncentracyjnych – deportacja – śmierć w obozie zagłady.